После счастливого возвращения из безлюдного города Сайтент-Хилл Шерон воссоединяется со своим отцом Кристофером. Оплакав пропавшую при таинственных обстоятельствах маму, они переезжают в другое место, меняют имена и надеются, что злобные сущности, мучающие девочку по ночам наконец отстанут. Однако, постоянные переезды не помогают Хизер и Гарри Мэйсонам, и героиня понимает, что когда-нибудь ей придется вновь посетить зловещий город, встретиться с членами религиозной секты и разузнать обстоятельства своего прошлого. 

В день 18-летия вернувшаяся домой старшеклассница и ее новый приятель одноклассник Винсент обнаруживают исчезновение Гарри, успевшего второпях оставить надпись на стене, согласно которой ей надо немедленно отправиться в Сайлент-Хилл. Потерять последнего близкого человека Хизер не может, а потому, вместе с Винсентом, призывая на помощь все свое мужество, собравшись с духом вновь переступает границу злосчастного места. Уродливые чудовища и безобразные монстры уже ждут ее в жутком капище. Девушка узнает, что она является светлой стороной Алессы, а ее приятель - сын верховной жрицы, специально посланный за ней, что все жители города захвачены войском злобного демона и уже тридцать лет живут в невыносимых страданиях. Теперь героине предстоит узнать заклинания и ритуалы, пройти через опасности и испытания, чтобы разрушить чары темного злодея и вернуть своих родителей.

Маленькая Шерон, приемная дочка Роуз и Кристофера Дасилвы, страдает от пугающих галлюцинаций. Она часто видит незнакомый город, жители которого, крича от боли, зовут ее на помощь. Врачи, обследовав девочку, могут предложить длительное лечение при условии, что мать поместит ее в психиатрическую лечебницу. Женщина не принимает их советов, наоборот, решает найти на карте таинственный Сайлент Хилл о поехать туда вместе с Шерон, несмотря на возражения и опасения супруга. Приближаясь в месту назначения они встречают представителя дорожной полиции Сибилл Беннет, которая настоятельно рекомендует им повернуть обратно. 

Однако, мать и дочь продолжают свой путь, пока не попадают в аварию. Придя в сознание Роуз видит, что малышка исчезла, и в компании с офицером Беннет отправляется на поиски. Улицы совершенно пустынны, а пепел, беспрерывно падающий с неба, не дает возможности четко разглядеть силуэт мелькнувшего ребенка. С наступлением ночи со всех сторон появляются отвратительные чудовища, выжидающие удобного случая, чтобы напасть на женщин. Осторожно продвигаясь вперед напарницы приближаются к сатанинскому капищу, окруженному сумасшедшими последователями культа. Обе героини понимают, что им придется сразиться не только с враждебной магией, но и отчаянными религиозными фанатиками.

После смерти матери две сестренки остаются с отчимом, который узнав, что все имущество умершая супруга завещала дочерям, решает прибрать к рукам деньги и дом, устроив для падчериц несчастный случай. Младшая погибает, а старшая Бейбидолл все же умудряется выжить. Тогда негодяй помещает девочку в закрытую психиатрическую лечебницу, в качестве опекуна подписав согласие на лоботомию. 

Теперь у одинокой сироты есть не более недели, чтобы обдумать способ побега из этого жуткого лечебного учреждения. Куколка знакомится еще с четырьмя ровесницами Блонди, Рокет, Эмбер и Сладкогорошкой, уже знакомыми с местными жестокими порядками и давно мечтающими выбраться на свободу. Долли, стараясь отвлечься от невыносимой обстановки выдумывает сказочный мир, полный магии и волшебства, погрузившись в который, постепенно теряет связь с реальностью и потому, встретив в своих мечтаниях незнакомого мудреца внимательно слушает его советы. Очнувшись, девушка подробно пересказывает новым приятельницам то, что услышала от мага. Этот маленький храбрый отряд намерен отправиться на поиски пяти неизвестных артефактов, способных открыть двери безнадежной темницы. Каждая из них подбадривает остальных чтобы, сплотившись, преодолеть многочисленные смертельные опасности, пока не истечет отведенное неумолимыми лекарями время.