Марио и Луиджи работают обычными водопроводчиками. Однажды главные герои решают отправиться в Королевство Грибов, чтобы спасти принцессу по имени Пич. Его захватил злой и жестокий Купойнен, который желает получить магическую силу принцессы и с помощью нее, стать самым сильным и могущественным королем в мире.

Персонажи начинают свой долгий путь с таинственной трубы, которая выведет их в другое измерение. На пути братья встретят доброго динозавра Йоши, который поможет им в путешествии, Тоада и Боузера. Впереди у главных героев и их друзей появятся сложности в виде хитрых головоломок и опасных монстров, но вместе они справятся со всеми трудностями.