В далеком будущем, после глобальной эпидемии, убившей 99% населения Земли, выжившие люди обитают в изолированном городе Брегна под управлением научного сообщества. Спустя 400 лет после катастрофы Эон Флакс, элитный убийца из подпольной организации "Моникан", получает задание устранить правителя Тревора Гудчайлда. Движимая личной местью и борьбой за свободу, дерзкая и ловкая Эон проникает в запретные зоны города, где обнаруживает шокирующую правду о природе их общества и собственной идентичности.

В этом визуально изысканном научно-фантастическом мире, где футуристические технологии контрастируют с живой природой, Эон сталкивается с моральными дилеммами и ошеломляющими откровениями. Сражаясь с правительственными агентами и преодолевая невообразимые препятствия, она вынуждена пересмотреть свою миссию и взгляды на борьбу, которой посвятила жизнь. Безупречно владея боевыми искусствами и акробатикой, героиня Шарлиз Терон путешествует через опасный и сюрреалистичный ландшафт в поисках истины, способной изменить будущее всего человечества.