Существуют много разных вселенных — в некоторых из них люди имеют души внутри своих тел; в других у людей есть дэймоны — души, которые живут вне их тел и принимают форму животных. Сирота Лира Белаква была помещена в Иорданский колледж на попечение своего дяди лорда Асриэля, который ищет средства для экспедиции на Северный полюс, чтобы исследовать источник таинственной субстанции, известной как «Пыль». По мнению учёного, Пыль — портал для проникновения в другие вселенные. Однажды Лира случайно увидела, как член Магистериума — церкви, которая управляет миром железной рукой — попытался отравить вино на презентации Асриэля. Девочка вовремя предупреждает своего дядю.

После громкого события в колледж прибывает миссис Коултер, чтобы забрать Лиру. Прежде чем воспитанница их покинула, старейшины колледжа дарят Лире алетиометр — единственный из оставшихся — компас, который всегда указывает на правду. После отъезда Лира понимает, что миссис Коултер отвечает за таинственных Гоблеров, которые похищают детей. Героиня бежит и попадает в компанию, в которую входят обитающие на лодке цыгане, аэронавт Ли Скорсби, говорящий белый медведь в броне Йорек Бирнисон и ведьма Серафина Пеккала. Команда отправляется на север в путешествие по замёрзшей земле Шпицбергена в поисках лаборатории Болвангар, где миссис Коултер наблюдает за экспериментами по отделению детей от их дэймонов, что является частью попыток Магистериума усилить контроль над людьми.