Джейкоб — юный шестнадцатилетний парень, недавно переживший утрату дедушки, которого он очень любил. Герои проводили вместе немало времени. Когда Джейкоб был маленьким, дед часто рассказывал ему необычные сказки о волшебном доме-приюте, где живут странные дети с невероятными способностями. Старик говорил, что сам когда-то жил в этом мистическом месте, расположенном на уединённом острове посреди Тихого океана. Однако детство ушло, и все эти истории остались в прошлом. До недавнего времени... Однажды подросток получает послание с приглашением посетить тот самый загадочный клочок суши, о котором он так много слышал.

Прибыв на место, Джейкоб знакомится с местными обитателями. Юноша до последнего момента не верил в реальность происходящего, но когда перед его глазами девочка взлетела в воздух, словно пушинка, сомнения растворились. Волшебный приют действительно существует! Под защитой дома находятся десятки детей, умеющих летать, управлять огнём, водой и воздухом, также тут есть невидимки, близнецы в странных костюмах и многие другие. За ними присматривает суровая, но добрая Мисс Перегрин, умеющая превращаться в гигантского ворона. Остров находится в петле времени, повторяющейся каждые двадцать четыре часа — это позволяет защищаться от многочисленных врагов извне и именно поэтому здесь никто не стареет. Но за странными детьми начал охоту кое-кто пострашнее — магические монстры, именующиеся Пустотами. Теперь только Джейкоб может всех спасти...