Действие происходит в 2029 году. Планета и населяющие её люди сильно изменили свой облик. Страшные болезни уничтожили миллионы, и столько же осталось в живых, но пострадало. Больше того, возникла ещё одна проблема — общество подверглось массовой деградации. Происходящее привело к необходимости создать организм, который будет совершенен. Лучшие учёные создали имплантаты, которые позволили человеку не только иметь здоровые органы и части тела, но и обладать огромнейшим количеством информации. В мозги людей начали вшивать чип, трансформирующий их в полукибернетические организмы. У этой инновации сразу возникли негативные последствия. Превратившись в своеобразный «накопитель», человек стал привлекателен для хакеров, пытающихся взломать доступ к информационному массиву в мозге. «Девятый отдел» — специализированное подразделение, организованное для борьбы с такими преступлениями.

Мотоко Кусанаги — успешный и почти неуязвимый киборг, майор «Девятого отдела». Организм девушки подвергся такому количеству операций, что от человека у неё остался только мозг. Мотоко наделена острой реакцией. Все свои эмоциональные ощущения она ото всех скрывает. Кусанаги красива и ловка, не зря её называют Поражающий меч. Кусанаги невероятно переживает по поводу природы своего происхождения. Как-то у героини появился напарник — очень сильный офицер Бато, хранящий собственный секрет. Большая часть органов Бато тоже заменена на кибернетические. Сотрудник подразделения, полностью сохранивший свою человеческую природу, и искусно стреляющий, — офицер Тосугу. Во главе «Девятого отдела» стоит проницательный Дайсукэ Арамаки — стопроцентный человек. Однажды команда спецподразделения получила приказ — найти некого Кукловода, который устраивает одну хакерскую атаку за другой. Кусанаги не только начала преследование преступника. Она активно ищет ответы на волнующие вопросы: кто она? Создательница героини как-то сообщила, что в своё время Мотоко умерла ради людей. Но так ли было на самом деле? Кусанаги вернули к жизни или её убили во имя чьих-то целей? Враги сообщают, что героиня, как и всё новое общество, есть результат чудовищного эксперимента, глобального обмана...