Общество кардинально изменило своё отношение к мутантам. Если в девяностых Людей Икс воспринимали как опаснейшую угрозу, то сейчас их начали ценить за невероятные усилия по защите человечества. Достижения мутантов признают не только обычные люди, но и представители высших политических кругов. Однажды из космоса был получен сигнал SOS — один из американских шаттлов сильно пострадал. Власти обратились к команде Чарльза Ксавье с просьбой об организации спасательной миссии. Корабль X-Jet отправился по указанным координатам...

Среди мутантов была и молодая Джин Грей. Внезапно девушка попала в эпицентр мощнейшего излучения, которое едва её не убило. Впитав чужеродную энергию, Джин постепенно раскрыла в себе уникальные силы, превратившие её в Тёмного Феникса. Случившееся также разблокировало тайну, что скрывалась в её мозгу с самого детства. Грей, наконец, узнала правду о событии, травмировавшем её ещё маленькой девочкой. Кроме того, героиня поняла, что психологическую блокаду возвёл Ксавье. Между тем, инцидент на орбите поставил под угрозу всё человечество. Происходящее с Грей хочет использовать в своих целях Вук, лидер вражеской внеземной расы. Вселенная в опасности! Способ борьбы с Тёмным Фениксом расколол Людей Икс на два лагеря...