После уничтожения Раккун-сити ядерным оружием прошло три года. Сначала зомби уничтожили страны Северной Америки, а затем попали на другие континенты. Наделенная сверхъестественными способностями женщина по имени Элис просыпается в недрах базы корпорации «Umbrella». Она проходит через множество комнат и коридоров, преодолевая хитроумные ловушки. В итоге, "прыгающая" мина убивает пленница, а сотрудники лаборатории под командованием Александра Айзекса выкидывают труп на поверхность, где уже лежат сотни двойников. Оказывается, в рамках специального проекта создается клон оригинальной Элис. Пока что успехи весьма скромные, что раздражает члена правления Альберта Вескера.

Сама главная героиня находится в бегах, поскольку если попадется в поле зрения военных спутников, то может потерять контроль на собой из-за особого сигнала. Спустя некоторое время Элис, с многократно возросшими суперспособностями, примыкает к группе Карлоса Оливеры и знакомится с Клэр Рэдфилд, темнокожей девушкой Бетти, Эл Джеем и снайпером Чейзом. Оснастив автомобили защитными решетками и прочими приспособлениями, эта команда действует в составе колонны. К сожалению, нападение зараженных Ти-вирусом птиц вынуждает пустить в ход огнемет, а затем и суперсилы главной героини. Спутники незамедлительно фиксируют ее местоположение и заставляют замереть. Соратники забирают с собой женщину, направившись на север, где не должно быть зомби.