Захваченное выживальщиками судно под названием «Аркадия» атакуют конвертопланы био-корпорации под названием «Амбрелла». Элис приходится сражаться с подругой по имени Джилл Валентайн, волю которой подавили специальным устройством в виде паука, прикрепленного к груди жертвы. В процессе один из летательных аппаратов, пилота которого главная героиня пристрелила, врезается в корабль и взрывается. Ударная волна сбивает Элис с палубы в холодную воду. Внезапно она обнаруживает, что находится в доме рядом с супругом Карлосом Оливера. Последний собирается поехать на работу, а дочь Бекки должна успеть в школу. Пока жена сбита с толку, в жилище врывается зомби. Спасаясь от преследования, женщина жертвует собой, позволяя наследнице скрыться.

С ней расправляется мутировавший муж. Затем Элис приходит в сознании в тюремном комплексе «Амбреллы». Ее пытаются допросить, но Альберт Вескер взламывает искусственный интеллект «Красная Королева», чтобы дать заключенной возможность сбежать. Сначала она узнает, что находится в Токио, затем получает сведения о некоей симуляции. Наконец, женщине встречается Ада Вонг, работающая на Альберта. Последний проясняет обстановку. На самом деле главная героиня не в японской столице, а на подводной советской базе вблизи полуострова Камчатка. Окружение используется для симуляции крупных городов, которые могут быть заражены Ти-вирусом, для определения смертоносности заразы.