После сложных переговоров Сэм Нельсон летит на самолете домой в Лондон. В планах мужчина воссоединиться с бывшей супругой. Однако, впереди ожидают суровые испытания, ведь судно захватывает группа преступников, вооруженных «Glock 19». Данные пистолеты помогла пронести на борт Нила Лиша, семейство которой находится в заложниках. Главный герой успевает по Wi-Fi отправит благоверной короткое сообщение. Женщина встречается с детективом лондонской полиции по имени Дэниель Фаррелл и незамедлительно информирует о захвате лайнера. Хотя преступники успели подчинить капитана Робина Аллена, два особо смелых пассажира нападают на подельника, выбив из рук пистолет.

Сэм подбирает оружие, но впоследствии отдает лидеру банды Стюарту. Фаррелл привлекает к делу бывшую возлюбленную Захру Гахфур, работающую в «SO15» подразделении «DCI». Она узнает у сотрудников Хитроу, что сигнал с борта «KA29» был ложным. Робин был вынужден так сказать диспетчеру из Дубая Абдуллу, опасаясь за безопасность стюардессы и любовницы Коллетт. Аллен вынужден покинуть кабину пилота по настоянию злоумышленников. Он говорит Сэму, что пролетая над территорией Ирака придется связаться с местными военными. Впрочем, угонщикам не составляет труда вынудить капитана и в Багдад передать сообщение, что все проходит в штатном режиме. Между тем Алиса Синклер из Хитроу начинает сомневаться в версии про "ложный сигнал", поскольку видит отклонение от маршрута.

Действия фильма разворачиваются после событий предыдущей части. Майлз уже успел стать повзрослевшим юношей. Именно он после смерти Питера Паркера стал Человеком-пауком. Эксперименты Кинг Пина с портальным оружием удалось предотвратить лишь с помощью других паучих супергероев. После спасения мира все они разбрелись по своим вселенным.
Однако новая угроза вновь объединит супергероев. Смогут ли они противостоять новым опасностям и в очередной раз предотвратить гибель человечества. Ставки в этой игре слишком высоки, но у счастью Мвйлз уже не тот зелёный юнец, которым был раньше. Теперь в его руках судьба многих миров.