В водах Средиземного моря, неподалеку от французского города Марсель, экипаж рыболовецкого траулера находит тело некоего мужчины. В него дважды попали из огнестрельного оружия, а в мягких тканях бедра вшита небольшая капсула. Когда пострадавший приходит в сознание, выясняется, что он страдает от полной амнезии. Единственной зацепкой, позволяющей узнать тайны собственного прошлого является номер банковской ячейки. Приходится отправляться в город Цюрих, чтобы продолжить расследование. Во время стычки с полицией, главный герой демонстрирует великолепное владение приемами рукопашного боя. Затем он начинает свободно разговаривать на немецком, нидерландском и французском. Между тем Центральное разведывательное управление пытается замять политический скандал. Бывшего африканского лидера нации Никвана Вамбози пытались ликвидировать, но операция завершилась провалом.

Причем в планах жертвы пресс-конференция, на которой он собирается указать конкретные имена исполнителей. Заместитель директора спецслужбы, которого зовут Уорд не может допустить такого фиаско и дает распоряжение Александру Конклину уничтожить любые доказательства, связывающие покушение на Вамбози с секретным проектом "Тредстоун". Между тем главный герой вскрывает банковскую ячейку и находит внутри пистолет, деньги и несколько паспортов, в том числе американский, выданный Джейсону Борну. Везде фигурирует его фотография, что приводит в замешательство.