Пятидесятые годы. Майкл Корлеоне теперь глава Семьи. Он продолжил отцовское дело. Недавно герой начал конфликт с сенатором Пэтом Гири, который попытался установить контроль над игорным бизнесом Корлеоне. Но Майкл, действуя как завещал отец, превратился из марионетки в кукловода. Между тем, на него было совершено покушение. Кей, его жена, едва не стала жертвой этого нападения. Новый Крёстный отец понимает, что в рядах его клана появилась «крыса». Решив на время укрыться, Майкл отправился в Майами, а затем на Кубу. Вместе с еврейским мафиози Хайманом Ротом он хочет превратить столицу острова в доходный туристический бизнес.

Вскоре герой узнал, что предателем оказался ни кто иной, как его старший брат Фредо. Ошеломительная новость совпала с другими неприятностями. Кубинская революция вынудила мафиози вернуться в Америку. Кей потеряла ребёнка на ранних сроках беременности, а Фредо сбежал. Фрэнки Пентенджели, старый товарищ дона Вито, пошёл на сделку с ФБР. Он уже хотел давать показания, но Майкл привёл в судебный зал его старшего брата. Так процесс над кланом Корлеоне, который обещал быть громким и скандальным, был сорван. Майкл остался главой семьи. Кей покинула мужа, признавшись, что специально сделала аборт, не желая быть женой преступника. Корлеоне остался в одиночестве, рядом лишь его сестра Констанция...