Кубо появился на свет как результат запретной любви отважного самурая и дочери Лунного Короля. Поскольку мальчику грозит опасность в лице его злобного дедушки-небожителя, мама пытается защитить сына, не позволяя ему покидать пещеру большую часть суток. Лишь днём Кубо может ненадолго покидать своё убежище. Получивший в дар магию — способность оживлять неодушевлённые предметы, ребёнок часто устраивает на улице представления. Он показывает зевакам спектакль, где ожившие фигурки-оригами танцуют под музыку его сямисэна. Как-то Кубо задержался, что помогло Лунному Королю его отыскать. Ради спасения сына, мама воспользовалась собственной магией и отправила ребёнка далеко-далеко.

Кроме того, женщина направила на помощь сыну двух хранителей — Обезьяну, оживлённую из амулета, и Жука, который когда-то был самураем и другом отца мальчика. Троице предстоит совершить долгое путешествие, чтобы отыскать волшебные доспехи отца Кубо. Только они могут защитить юного героя от ярости могущественного деда. В поисках отцовского меча, его шлема и кирасы, Кубо, облачённый в самурайское кимоно, рвётся в бой. Рассудительной Обезьяне и отважному Жуку нужно научить своего импульсивного подопечного мудрости и защитить его от чар злобной тёти-колдуньи, открывшей на племянника охоту...