Три года назад Джейсон Борн едва избежал гибели, столкнувшись с бывшими коллегами из Центрального разведывательного управления. Ныне главный герой находится в бегах вместе с подругой по имени Мари Кройц. Пара по поддельным паспортам перебралась на индийский остров Гоа. Между тем в Берлине агент ЦРУ Памела Лэнди должна получить от информатора за три миллиона долларов сведения о краже крупной суммы со счетов спецслужбы. Несколько лет назад российский политик Владимир Неский намеревался разоблачить преступников, но внезапно был убит собственной супругой в номере немецкой гостиницы. Данная попытка разоблачить вора тоже проваливается. Наемный убийца ловко расправляется со всеми участниками сделки, после чего Кирилл забирает деньги, а так же документы и передает боссу Юрию Греткову.

На месте преступления киллер целенаправленно оставляет добытый ранее отпечаток пальца главного героя. На Борна тоже совершают покушение, но погибает Мария, а бывшему шпиону удается сбежать. Он отправляется в город Неаполь, чтобы узнать о причинах активизации сотрудников ЦРУ. Выясняется, что Лэнди сопоставил найденный отпечаток с материалами из проекта "Тредстоун" и вынудил замдиректора Уорда Эбботта пойти на сотрудничество. Тандем едет в Берлин, чтобы на месте во всем разобраться. Джейсон едет в Мюнхене, где встречается с коллегой Ярдой, узнав о подозрении в убийстве Памелы, к которому не причастен.