2093 год. Однажды в Шотландии двое учёных, Элизабет Шоу и Чарли Холлоуэй, обнаружили небесный узор в рисунке пещеры. Они сопоставили доисторические наскальные рисунки с острова Скай с похожими образцами со всего мира. Шоу и Холлоуэй убеждены, что нашли путь к звёздной системе, знак, оставленный, как они считают, создателями человечества, которых они назвали Инженерами. После определения источника в дальнем космосе была запущена исследовательская миссия. На борту корабля «Прометей» экипаж из 17 человек, в том числе непринуждённый капитан Янек и хладнокровная Мередит Викерс, чья Weyland Corporation финансировала полёт. Также на борту есть андроид, Дэвид, который знает о миссии больше, чем ему позволено.

Учёные надеются встретить инопланетян, которые, по их мнению, «основали» человеческую расу, но, к сожалению, их ждёт совсем иное, зловещее открытие. Prometheus приземлился на единственной планете звёздной системы. Археологи и группа обыскали ряд руин, которые они увидели. Внутри они нашли останки инопланетных существ, и Шоу определила ДНК-совпадение между ними и человечеством. Однако в руинах оказались живые существа, которые напали на двух членов экипажа. Более того, андроид корабля Дэвид скрыл правду в отношении цели миссии. Он сумел заразить бойфренда и коллегу Элизабет, Чарли, образцом взятым из руин, в результате чего молодой мужчина сильно заболел. Когда они осматривали планету дальше, стало очевидно, что один из Инженеров всё ещё жив...