Бывший агент американских спецслужб по имени Джейсон Борн ныне находится в бегах. Будучи раненым в Москве, он вламывается в закрытую аптеку и кое-как обрабатывает рану. Два представителя полиции обнаруживают нарушителя и пытаются задержать. Однако, главный герой одного оглушает, а второго под страхом смерти заставляет сдаться. Затем он отправляется в Париж, чтобы рассказать брату Марии и гибели соратницы и возлюбленной на Гоа. Пока Джейсон путешествует по Европе, его персоной начинает интересоваться журналист-расследователь, которого зовут Саймон Росс.
По поручению редактора газеты «Guardian», последний встречается с информатором в Турине. Таким образом удается раздобыть сведения о сверхсекретном и незаконном проекте Центрального разведывательного управления под названием «Блэкбрайар». Желая похвастаться перед редактором, репортер совершает телефонный звонок в Лондон. ЦРУ перехватывает разговор и замдиректора Ноа Воусен отправляет оперативную группу следить за передвижениями Росса. Увидев про себя статью, Борн намеревается встретиться с Саймоном и приглашает в «Ватерлоо», железнодорожную станцию в английской столице. Киллер по прозвищу "Пас" засекает главного героя, доложив об этом Воусену. Последний принимает беглого спецагента за информатора журналиста и приказывает ликвидировать обоих. Пристрелить Саймона не составляет труда, а вот Джейсон в очередной раз сбегает от противника.