Когда-то давно четыре обыкновенные черепашки, ничем не отличающиеся от множества других представителей своего вида, пережили генетическую мутацию. В результате этого непредвиденного события герои приобрели человеческую ДНК, став похожими на людей по внешнему виду, а также получив способности: разумное мышление, умение разговаривать и необычайную силу. После этого они поселились в канализационной системе Нью-Йорка, где познакомились с похожим мутантом — крысочеловеком Сплинтером. Он начал учить черепашек множеству вещей, включая искусство ниндзюцу. Герои получили имена - Леонардо, Микеланджело, Рафаэль и Донателло — и начали вести обыкновенную жизнь, похожую на человеческую. Они тренируются, отдыхают, смотрят телевизор и очень любят пиццу.

Но вскоре на горизонте возник враг — коварный Шредер, жаждущий захватить власть над Нью-Йорком. Так черепашки решили помочь мегаполису и вступили в схватку со злодеем. Им удалось одолеть его, в процессе чего у героев появилась подруга и помощница - очаровательная журналистка Эйприл. Теперь черепашки-ниндзя каждую ночь выходят на улицы города, чтобы бороться с различной преступностью. Недавно выяснилось, что Шредер сумел восстановить силы и готов ко второму раунду. Смогут ли зелёные мутанты справиться с ним на этот раз? Герои вновь будут действовать вместе со своей знакомой Эйприл, а также её новым другом — бесстрашным Кейси Джонсом...