Представители агрессивной расы таркатанов из Внешнего мира нападают на родителей юного Лю Кана и убивают обоих. Мальчика спасает бог грома и защитник Земного Царства по имени Рейден. В настоящее время конфликт упомянутых ранее измерений переходит в новую фазу. Целые армии вступают в сражение, что сулит неприемлемые потери. Потому лидеры собираются у шатра принцессы Китаны, желая обсудить возможные альтернативы. Прибывший император Шао Кан предлагает лорду Рейдену провести «Смертельный турнир», победитель которого автоматически получает желаемое.

Бог грома соглашается, попутно заявив о личном участии в соревновании. Правда, от большинства сверхъестественных способностей приходится отказаться, чтобы соблюсти баланс. В Преисподней Шиннок намеревается договориться с ниндзя «Скорпионом» о сотрудничестве. Павшему божеству необходим артефакт под названием «Камидогу». Впрочем, главный герой достаточно рассудителен, чтобы не связываться с коварным злодеем. Между тем клан Лин Куэй нанимают для поимки «Скорпиона». Грандмастер принял довольно странное решение переделать наиболее выдающихся бойцов вроде Сайракса с Сектором в киборгов, оснащенных всевозможными гаджетами. Саб-Зиро отказывается менять собственное тело и сбегает, а вот Смоуку не везет. Последнего насильно превращают в робота. Начавшаяся «Смертельная битва» идет довольно удачно для землян. Кейдж проигрывает бой Ди’Воре, а Лю Кан, Соня и Страйкер побеждают.

Во вселенной существует огромное множество миров, некоторые из которых контролируются достаточно амбициозными лидерами. Однако, последние не имеют право нападать на соседей, а за соблюдением баланса следят Высшие боги. Вдобавок, у каждой населенной планеты имеется собственный покровитель. Впрочем, один законный способ экспансии все же предусмотрен. Необходимо десять раз подряд победить в «Смертельной битве», на которую обороняющийся выставляет лучших бойцов. Престарелый колдун по имени Шан Цзун представляет интересы Внешнего мира. Он бросил вызов сила Земли, возглавляемых Рейденом. На стороне первого выступает принц-чемпион Горо, а второго монах шаолиньского монастыря Лю Кан. Предыдущие девять турниров люди проиграли, потому на кону стоит судьба всей цивилизации.
Компанию упомянутым ранее персонажам составляет актер боевиков Джонни Кейдж, полагающий, что его пригласили в очень оригинальный проект. Соня Блейд же присоединилась к данной группе в надежде отомстить Кано из криминального синдиката под названием «Черный Дракон». Непосредственно во время «Смертельной битвы» объявляется «Скорпион», заключивший сделку с некромантом из Царства Небытия, которого зовут Куан Чи. Последний даст возможность приспешнику сразиться с Саб-Зиро, в обмен на амулет павшего старшего божества Шиннока. Впрочем, Рейдену удается привести достойные аргументы, чтобы Скорпион отказался сотрудничать с колдуном.