Двенадцать лет назад бывший шпион по имени Джейсон Борн смог добиться разоблачения секретной программы ЦРУ под названием «Блэкбрайар». Затем он сменил имя и род деятельности, зарабатывая участием в нелегальных схватках. Старая знакомая Никки Парсонс перебралась в исландский Рейкьявик и ведет дела с хакреской группировкой «Хактивист». Лидер организации Кристиан Дассот умудряется проникнуть в архивы Центрального разведывательного управления и выкрасть сведения о множестве незаконных операций. Никки в качестве бонуса получает данные о привлечении Борна в проект «Трэдстоун» и намеревается связаться с приятелем, поехав в Грецию. В ЦРУ узнают об атаке и руководитель отдела кибер-безопасности по имени Хэзер Ли ставит в известность директора организации Роберта Дьюи, попутно сообщив о внедрении отслеживающего вируса в файлы, добытые хакерами.
Парсонс в Афинах назначает Джейсону встречу на площади Синтагма. Там как раз проходит масштабная акция протеста, но затеряться в толпе не удается. Киллер «Спец» из ныне закрытого проекта «Блэкбрайар» убивает Никки. Впрочем, основной целью является главный герой. Ведь его стараниями в общественном доступе оказались сведения об участниках секретной программы. «Спеца» поймали и долго пытали, за что Борн должен расплатиться сполна. Полученные от Парсонс файлы содержат информацию об отце Джейсона Ричарде Уэббе, запустившем «Трэдстоун» в первоначальной вариации.

Центральное разведывательное управление проводило незаконный эксперимент в рамках проекта «Тредстоун», готовя особо опасных агентов, в том числе Джейсона Борна, вышедшего из-под контроля. У Министерства обороны была аналогичная программа под названием «Аутком». Вот только военные не останавливались на физических и ментальных тренировках, пичкая участников таблетками. Синие пилюли ускоряли работу мозга, а зелёные усиливали силовые характеристики. В процессе выяснилось, что стоит прервать прием препаратов, организм быстро деградирует и человек погибает. Кеннету Джеймсу Китсому пришлось сменить имя на Аарон Кросс, чтобы стать пятым членом команды «Аутком». При этом официально его считают погибшим в зоне боевых действий.
Когда Джейсону удается рассекретить сведения о «Блэкбрайаре» и подставить руководство ЦРУ под удар, чиновники из Министерства обороны в качестве подстраховки распоряжаются уничтожить свидетельства об экспериментах в рамках «Ауткома». Заниматься «грязной работой» поручают Эрику Байеру. Последний наведывается в тренировочный лагерь, чтобы убить Аарона как нежелательного свидетеля. Однако, напичканный стимуляторами агент ловко избегает гибели, хотя «номер третий» умирает от рук группы зачистки. Мистер Кросс осознает, что предан начальством, потому ножом выковыривает чип слежения, ловит волка и впихивает маячок в пасть хищника. Таким образом противник идет по ложному следу.

Бывший агент американских спецслужб по имени Джейсон Борн ныне находится в бегах. Будучи раненым в Москве, он вламывается в закрытую аптеку и кое-как обрабатывает рану. Два представителя полиции обнаруживают нарушителя и пытаются задержать. Однако, главный герой одного оглушает, а второго под страхом смерти заставляет сдаться. Затем он отправляется в Париж, чтобы рассказать брату Марии и гибели соратницы и возлюбленной на Гоа. Пока Джейсон путешествует по Европе, его персоной начинает интересоваться журналист-расследователь, которого зовут Саймон Росс.
По поручению редактора газеты «Guardian», последний встречается с информатором в Турине. Таким образом удается раздобыть сведения о сверхсекретном и незаконном проекте Центрального разведывательного управления под названием «Блэкбрайар». Желая похвастаться перед редактором, репортер совершает телефонный звонок в Лондон. ЦРУ перехватывает разговор и замдиректора Ноа Воусен отправляет оперативную группу следить за передвижениями Росса. Увидев про себя статью, Борн намеревается встретиться с Саймоном и приглашает в «Ватерлоо», железнодорожную станцию в английской столице. Киллер по прозвищу "Пас" засекает главного героя, доложив об этом Воусену. Последний принимает беглого спецагента за информатора журналиста и приказывает ликвидировать обоих. Пристрелить Саймона не составляет труда, а вот Джейсон в очередной раз сбегает от противника.

Три года назад Джейсон Борн едва избежал гибели, столкнувшись с бывшими коллегами из Центрального разведывательного управления. Ныне главный герой находится в бегах вместе с подругой по имени Мари Кройц. Пара по поддельным паспортам перебралась на индийский остров Гоа. Между тем в Берлине агент ЦРУ Памела Лэнди должна получить от информатора за три миллиона долларов сведения о краже крупной суммы со счетов спецслужбы. Несколько лет назад российский политик Владимир Неский намеревался разоблачить преступников, но внезапно был убит собственной супругой в номере немецкой гостиницы. Данная попытка разоблачить вора тоже проваливается. Наемный убийца ловко расправляется со всеми участниками сделки, после чего Кирилл забирает деньги, а так же документы и передает боссу Юрию Греткову.

На месте преступления киллер целенаправленно оставляет добытый ранее отпечаток пальца главного героя. На Борна тоже совершают покушение, но погибает Мария, а бывшему шпиону удается сбежать. Он отправляется в город Неаполь, чтобы узнать о причинах активизации сотрудников ЦРУ. Выясняется, что Лэнди сопоставил найденный отпечаток с материалами из проекта "Тредстоун" и вынудил замдиректора Уорда Эбботта пойти на сотрудничество. Тандем едет в Берлин, чтобы на месте во всем разобраться. Джейсон едет в Мюнхене, где встречается с коллегой Ярдой, узнав о подозрении в убийстве Памелы, к которому не причастен.

В водах Средиземного моря, неподалеку от французского города Марсель, экипаж рыболовецкого траулера находит тело некоего мужчины. В него дважды попали из огнестрельного оружия, а в мягких тканях бедра вшита небольшая капсула. Когда пострадавший приходит в сознание, выясняется, что он страдает от полной амнезии. Единственной зацепкой, позволяющей узнать тайны собственного прошлого является номер банковской ячейки. Приходится отправляться в город Цюрих, чтобы продолжить расследование. Во время стычки с полицией, главный герой демонстрирует великолепное владение приемами рукопашного боя. Затем он начинает свободно разговаривать на немецком, нидерландском и французском. Между тем Центральное разведывательное управление пытается замять политический скандал. Бывшего африканского лидера нации Никвана Вамбози пытались ликвидировать, но операция завершилась провалом.

Причем в планах жертвы пресс-конференция, на которой он собирается указать конкретные имена исполнителей. Заместитель директора спецслужбы, которого зовут Уорд не может допустить такого фиаско и дает распоряжение Александру Конклину уничтожить любые доказательства, связывающие покушение на Вамбози с секретным проектом "Тредстоун". Между тем главный герой вскрывает банковскую ячейку и находит внутри пистолет, деньги и несколько паспортов, в том числе американский, выданный Джейсону Борну. Везде фигурирует его фотография, что приводит в замешательство.